甲溝炎的根治不能靠藥物，藥物對甲溝炎控制病情有效，但是不能完全地靠藥物來根治。甲溝炎的發生有病因基礎，比如經常習慣性剪指甲，把指甲剪得過短，出現了指甲被甲溝的軟組織包繞在一起的嵌甲形態，是形成后期甲溝炎復發和長期存在而不能緩解的重要原因。藥物只能是處理局部的炎癥，包括消毒劑，或者傷口的收斂劑，以及消腫和促進傷口愈合的藥物。這些藥物都是針對炎癥進行對癥處理，但是這些藥物并不能夠根除引起甲溝炎的原因，尤其是慢性的嵌甲的畸形。嵌甲的畸形，一方面需要炎癥的消散，使嵌甲的嚴重程度得以緩解。另一方面，需要養成很好的個人習慣，比如指甲留長，避免剪短，還有不要穿過緊的夾腳的鞋子，避免長時間的劇烈的體育運動，尤其是在炎癥發作期。還有就是它的根治，需要做嵌甲的徹底的矯正。如果反復復發，可以通過手術把嵌甲、包繞指甲、足溝指甲生長出的肉芽清除，還有的需要做甲溝的成型，重塑正常的甲溝形態，這樣才能夠從根本上避免甲溝炎的復發，來達到甲溝炎和嵌甲的徹底矯正。