陰莖是男性外生殖器，因此小兒陰莖短小去醫院后應該掛泌尿外科、男科或者小兒外科。大部分醫院里一般會有泌尿外科、小兒外科，不一定有男科，但外生殖器疾病還是要進入上述兩個業科室進行專評估、判斷，對兒童情況的確認會更有幫助。 一般在大型專科兒童醫院里會有小兒泌尿外科，這些小孩去小兒泌尿外科可能會更加對癥。小兒泌尿外科的醫生關注的主要是小兒泌尿生殖系統，如果出現陰莖短小，到此科室就診比較合適。部分兒童醫院里也會有發育相關的性腺功能低下等科室，出現這些情況也可以去找醫生判斷。但如果涉及到手術、外科問題，還是應該進入泌尿外科或者有手術能力的男科進行診斷和治療。