小兒陰莖短小的治療根據小兒年齡決定，小兒陰莖短小的原因主要為陰莖尿道外口是不是在龜頭的中央，即排除尿道下裂；包皮外口是不是過度狹窄，包莖無法解除。如果小兒在1-10歲之間，上述兩種情況得到排除或確認，可以進一步觀察，沒必要做過多干預。男孩10歲后陰莖還沒有長大，這時家長需要關注。但在青春期開始前，所有陰莖體積的程度都可以接受。 如果超過14歲，外生殖器還沒有開始發育，即還沒有出現陰莖增大、皮膚顏色加深、陰毛發育，這時要帶著孩子去醫院找醫生確認是否為青春期發育延遲，因為確定的年齡界限就是14歲。14歲前任何陰莖大小都可以接受；超過14歲陰莖還沒有發育，就要進入醫院，可能要用促進發育的藥物，藥物使用的種類、時間一定要醫生確定，家長無法自行治療。