顱內生殖細胞腫瘤，切的不徹底或者術后綜合治療得不到有效控制，就容易復發，復發率一般在10%-37%左右。 除了向周圍鄰近的顱內、腦神經周圍占位效應之外，還可以向遠端轉移，常沿著蛛網膜下腔向基底池腦室系統和脊髓轉移。五年、十年的生存率，顱內生殖細胞瘤有96%和93%。隨著時間延長，增殖期越來越短，復發率越來越高。復發以后需要進一步根據病情變化做治療，如果占位效應比較明顯，還需要再次手術或者放化療。