顱咽管瘤的復發率主要取決于治療方式和切除程度，總體復發率比較高。因為本身顱咽管瘤是發生于殘存胚胎胚層的鱗狀上皮，生長的位置在鞍區周圍比較重要的結構，比如較粗大的頸內動脈，以及視神經、海綿竇等部位，下丘腦都不能夠受到傷害。顱咽管瘤患者在進行切除手術時需要進行權衡，因為全切有可能會傷及重要結構，所以有可能會選擇不全切，留一小塊在重要結構附近，以保證患者的生存質量，甚至是生命，但會引起復發率的增高，如果進行全切，則復發率比較低。如果患者在術后顱咽管瘤復發，還可以選擇再次切除，主要是為了保證患者術后的生存質量以及生命安全。