核磁共振可以檢查出部分頭暈，如中樞神經系統病變，包括小腦、腦干導致的梗塞、出血，或者脫髓鞘疾病，以及感染性疾病，如膿腫等，上述疾病都會導致頭部眩暈。這些疾病使用腦磁共振檢查，有助于發現小腦、腦干的后顱窩結構病變，可以檢查出頭暈的部分原因。但頭暈還有其它情況，如外周病變所致，包括良性陣發性位置性眩暈，由于半規管中耳石脫落引起。這一類眩暈在腦磁共振的影像學上面，不會有異常改變，可以通過手法復位來治愈。前庭神經元炎也可以引起劇烈眩暈，同樣屬于外周病變。