一般情況下鼻咽部囊腫的手術不會使患者特別痛苦。鼻咽部囊腫手術通常是在全身麻醉下進行，使用麻醉后患者便會失去感覺和意識，如同進入睡眠，此時耳鼻喉醫生才開始做手術。手術時一般會通過內窺鏡，局部使用麻藥等方法或是使周圍的黏膜收縮，減少局部的充血或炎癥，而后通過手術將局部凸起的囊腫切除，切除后還要做止血處理。如果出血比較多，可能還需要做局部的壓迫止血，甚至電凝止血。一般在止血后，局部不會做創面的縫合，也不會做填塞，如果鼻子中有出血，可以填塞些油紗條等。術后患者在麻醉失效清醒后，局部會有點疼痛或有點吞咽痛。因為當患者進行吞咽時，鼻咽部的某些肌肉的活動會產生牽拉，從而產生吞咽痛。一般此類疼痛，在術后的3-5天會逐漸好轉。但需要注意的是，由于鼻咽部的囊腫容易復發，所以術后要進行定期隨訪，如果有復發的跡象盡早處理。