小兒先天性肛門狹窄和成人肛門狹窄發病機理不同。小兒先天性肛門狹窄其實在某種程度上是先天性肛門閉鎖一種特殊表現，其實就是肛門閉鎖，然后合并肛門會陰瘺，雖然看上去像個肛門，其實它不是肛門，稱之為肛門會陰瘺。上述情況治療方式其實和先天性肛門閉鎖相通，只不過一般情況是低位閉鎖，因為有瘺，瘺位置比較低。 但是極少數孩子先天性肛門狹窄不是一個肛門會陰瘺，而是先天性肛管發育異常，是肛管狹窄，在相當長一段距離之內直腸和肛門都狹窄，其實不適合于成人肛腸外科進行診斷和治療。因為成人疾病是炎癥或者手術創傷等各種后天因素導致，而小孩疾病都是先天性因素，發病機理導致治療手段和成人完全不同。所以如果發現或者家屬發現該疾病，應該到正規小兒外科進行診斷治療，否則會導致治療方式錯誤、病情延誤。