肛瘺手術后復發率的高低受多種因素影響，最重要的是由肛瘺本身的病情所決定，具體情況如下：1、復發率較低：如果是低位單純肛瘺，術后的創面比較淺，恢復比較快，復發率比較低，一次手術能夠徹底治愈；2、復發率較高：但對于高位復雜性肛瘺，術后創面比較深，恢復起來也比較慢，同時還會出現假性愈合等多種其他意外情況，所以復發率相對較高。部分特別復雜的肛瘺，手術治愈的機會比較渺茫。肛瘺的手術方式有多種，基本原理是沿著外口的竇道找到內口。內部開口的位置會有變化，通常位于齒狀線下，有時肛瘺處于急性期，內口不容易發現，手術后可能會復發。如果通過外口或內口，成功找到肛竇內口，外口的竇道組織能夠被完全切除，肛瘺手術的復發率相對比較低。所以術前最好進行肛周的磁共振成像檢查，確定竇道方向，做到竇道的徹底切除，有助于提高肛瘺治愈率，降低肛瘺的復發率。