低位單純肛瘺的復發率比較復雜。首先低位單純肛瘺治療方法現在非常多，手術方法包括切開引流、切開掛線、竇道切除、瘺管剔除、真皮填塞修補等，不同方法復發率也不同。 最有效的治療方法是將竇道、瘺管切除，整個瘺管切除以后、感染原和感染灶全部清除以后傷口逐漸愈合，復發率非常低。而如果是采用其它所謂的微創、減少創面的方法，比如真皮填塞，現在還有肛瘺栓填塞，即將部分肛瘺竇道清理干凈以后，將可以刺激肛門周圍的生長物填塞進去。上述情況相對屬于盲操作，即竇道不能完全打開，可能導致竇道探查并不是百分之百準確，復發率相對高一點，大部分統計在15%-20%之間。而完全竇道切除的復發率極低，可能在10%以下。