無痛腸鏡盡管造成的痛苦較小，但患者仍需承擔一定手術風險，即麻醉藥物過敏或術中操作出現穿孔、出血等情況。全麻腸鏡稱為無痛腸鏡，接受藥物麻醉便存在一定的藥物過敏風險，而在應用麻藥過程中，麻醉師以及手術操作者對患者情況控制較為重要。由于傳統腸鏡痛苦相對較大，無痛腸鏡目前較為常用，但仍有醫院應用常規操作方式進行胃腸鏡檢查。如果患者在清醒條件下接受腸鏡檢查，可較大程度避免不必要的腸道穿孔。如果進行腸鏡操作時，患者處于麻醉狀態，并沒有疼痛感，操作不當則易造成腸道穿孔。為減少穿孔以及麻醉風險，應尋找經驗豐富的麻醉和腸鏡醫生，盡可能減少手術過程不適感以及提高手術安全性。