又便秘又腹瀉往往會出現在結腸功能紊亂中，由于動力減弱造成排便困難，而腹瀉是由于動力增強導致排便次數增多，所以在治療上存在沖突。對于此類患者，醫生應盡量避免使用止瀉藥或通便藥，而可以使用雙向調節的藥物，即對腹瀉與便秘均存在治療作用的藥物。另外，患者還可服用益生菌以改善腸道菌群，使腸道的功能紊亂得以恢復，便秘與腹瀉交替的情況也會得到好轉。此外，患者也可以使用溫和的通便藥物，如膳食纖維，患者使用后可能不會加重腹瀉，若使用后出現腹脹或腹瀉再減量或停用。部分情況下結腸功能紊亂是由于社會、精神因素引起，此時患者也會用到神經調節劑，如抗焦慮、抑郁的藥物，對便秘及腹瀉也存在作用。患者在用藥時應及時與醫生保持溝通，因為此類藥物也存在腹瀉或便秘的副作用，若在用藥后出現類似癥狀，則需及時調整以規避風險。