便秘和腹瀉交替出現可為功能性疾病和器質性疾病兩大類疾病引起。 功能性疾病是指通過檢查，例如大便化驗、結腸鏡檢查等沒有發現異常，但是患者持續存在癥狀，這一類疾病稱為功能性疾病。可能由于胃腸動力學異常或中樞調節異常、腸道菌群異常以及患者精神心理因素等都可能造成腸道功能紊亂，從而造成便秘和腹瀉交替癥狀。腸易激綜合征是較常見的功能性腸病，一般以中青年多見，在我國發生率較高，大概10%左右，此類患者可以通過藥物調節治療。 器質性疾病患者較多見便秘與腹瀉交替癥狀，即腸結核或結直腸癌。如果患者同時伴有體重下降、便中帶血、頑固性腹脹、貧血、低熱、盜汗等，尤其50歲以上新發癥狀需要高度警惕是否存在器質性疾病，此時患者應到醫院進行及時結腸鏡或大便化驗，以免耽誤病情。