松果體在腦部是一個較小的內分泌解剖結構，可以分泌大量多肽類激素。其中主要分泌的激素是褪黑素和5-羥色胺，這兩種激素分泌有明顯的晝夜節律，褪黑素分泌后可抑制促性腺激素分泌。如果松果體發生病變，如患有腫瘤或其它原因造成褪黑素分泌水平下降，對促性腺激素的抑制功能會有所降低，從而會使患者出現性早熟表現。尤其是兒童患者，如果松果體區發生腫瘤，常會有性早熟，出現第二性征發育提前的情況。另外，5-羥色胺對于人體重要的功能調節也有一定作用。現代研究發現，松果體除分泌上述兩種激素，還可以分泌多種其它類型激素，所以松果體雖然體積較小，但是其分泌的激素對人體正常生理功能維持較重要。