肝上長囊腫通常不嚴重，因為多數肝囊腫較小，生長也較緩慢，屬于單純性肝囊腫。此類肝囊腫對于身體健康不會有明顯影響，也不會影響肝臟功能，定期檢查即可，通常是每0.5年做一次B超。體積較大的肝囊腫，比如直徑已達到10cm、囊腫向肝外生長，壓迫周圍內臟或重要血管、膽管，引起上腹脹，以及囊腫內部出血、合并感染，引起疼痛、發燒等癥狀，上述類型肝囊腫患者可考慮做外科手術進行肝囊腫開窗引流。肝囊腫需與其他疾病進行鑒別，包括寄生蟲病如肝包蟲病、肝臟囊性腫瘤如囊腺瘤，以及先天性多囊肝，在臨床當中經常遇見，通常較難治療。較大囊腫可進行穿刺，做減壓手術緩解癥狀。但多囊肝已經合并肝功能衰竭，建議做肝移植手術。