小肚子針扎樣的疼痛的原因包括腸功能紊亂、盆腔臟器病變、其他部位病變以及神經官能癥等，具體如下：1、腸功能紊亂：最常見，小腸收縮是3-5次/分有規律的收縮，腸功能紊亂時小腸收縮的節律改變。有時候能8-10次/分收縮引起針扎樣的疼痛；2、盆腔臟器病變：左半結腸、乙狀結腸、直腸等病變、腫瘤或者炎癥的時候會引起小肚子疼痛。直腸尤其是直腸炎、直腸腫瘤、直腸癌等都比較常見；3、其他部位病變：男性前列腺、精囊腺有炎癥，小肚子也會有針扎樣疼痛。女性的子宮、卵巢、輸卵管有病變，如子宮內膜癌、子宮腺肌病、子宮內膜異位癥、子宮肌瘤、卵巢癌、卵巢囊腫等，也會引起小肚子的疼痛；4、神經官能癥：疾病檢查沒有明確病變，考慮神經性的神經官能癥，也會感覺小肚子或者其他地方有針扎樣的疼痛，屬于精神方面。