治療卵巢囊腫的藥物包括中藥和西藥，中藥主要包括桂枝茯苓，可以散結鎮痛。西藥主要是激素類藥物，包括口服避孕藥地諾孕素、基因rh類藥物等。卵巢囊腫包括良性和惡性，如果考慮是惡性或者交界性腫瘤，不應該使用藥物治療，應該盡快手術，可以開腹探查或者進行腹腔鏡檢查，明確腫瘤的性質，然后根據腫瘤的良惡性判斷手術范圍。如果是良性腫瘤，可以單純進行卵巢囊腫切除，或者單側附件切除。如果是惡性腫瘤，可能需要擴大手術范圍，需要切除全子宮、雙附件、大網膜，甚至盆腔淋巴結。如果是卵巢巧克力囊腫，通常可以使用西藥進行治療，也就是激素類藥物，包括口服避孕藥，如地諾孕素、地屈孕酮，以及基因rh類藥物，還可以使用曼月樂來抑制囊腫生長。如果囊腫比較大，超過4cm就有手術指征，需要采取手術治療。如果是其他的炎性囊腫，可以給予中藥治療，觀察用藥后囊腫是否能夠縮小甚至消失。