卵巢囊腫的治療方式取決于患者的年齡、囊腫的良惡性，囊腫的部位、體積、大小，囊腫的生長速度、類型、是否保留生育功能，以及患者的主觀意愿。對于生理性的卵巢囊腫，如果囊腫比較小又沒有癥狀，并且B超提示為良性，腫瘤標記物含量也正常，建議可以觀察不需要治療。腫瘤短時間內生長迅速，無論是囊性的、囊實性的、或者實性的，都建議積極的手術處理，并通過病理檢查明確囊腫的性質： 1、良性卵巢囊腫的手術治療，可以采取卵巢囊腫剝除術。年輕的患者，尤其是絕經前患者多采用這種術式，盡可能的保留正常的卵巢組織，僅僅剝除卵巢的囊腫進行化驗。卵巢囊腫還可以進行輸卵管卵巢切除術，年齡＞45歲以上或者絕經后的患者，可行一側或者雙側的輸卵管卵巢切除術。值得注意的是，對于較大的卵巢囊腫的手術應該不計切口的大小，以完整的切除為宜避免囊腫破裂，囊液流入腹腔或者切口造成種植。術中要注意腹壓的變化，較大的囊腫切除時，應該注意患者的脈搏、呼吸、血壓的變化，必要時要進行加速輸液、輸血、輸氧，預防早期發生胃擴張、麻痹性的腸梗阻，以及引起水電解質平衡的失調； 2、惡性卵巢囊腫的手術治療。惡性的卵巢囊腫多數患者就診的時候多已經達到晚期，因此要盡一切的可能去切除原發的囊腫，及所能看見的盆腔腹腔的轉移病灶。由于卵巢惡性囊腫，常于子宮附件粘連或者浸潤渾然一體，而且緊貼著盆腹膜，故現在多采取卷地毯式，將子宮和腫瘤連同盆腹腔整塊切除，又如大網膜的切除、部分腸管的切除、部分膀胱和輸尿管的切除，這種術后的患者往往預后較差。其次可考慮腹腔內留置引流管，以便術后腹腔內進行藥物化療。