甲狀腺癌的鑒別診斷主要是要與甲狀腺良性病變進行相關鑒別。一方面要看甲狀腺病變是囊性還是實性，如部分囊腫性病變在影像上就可能考慮是良性病變。另外，對于實性病變，有甲狀腺腺瘤或者微腺瘤，表現為實性病變，但有時需要通過縱橫比，能初步判斷良惡性，以及周圍血流的分布情況。對于甲狀腺本身的惡性病變，有時可以通過彩超來判斷，如邊界、形態是否規則。除此以外，還要看其縱橫比是否＞1，以及血流是否豐富等，來鑒別是否有甲狀腺癌的可能性。一旦發現有甲狀腺可疑癌變的情況，要及早給予病理的細針穿刺，進一步地明確診斷。除此以外，甲狀腺病變可能有時會形成異常的惡性病變。此外，也有可能是來源于機體內其他器官的腫瘤，經過血液系統發生轉移而形成的甲狀腺轉移癌。此情況在臨床上發生率比較低，但是也可能存在。在臨床上要盡量地做到相應的診斷和鑒別診斷，主要是依靠病理，以及影像學判斷，才能更為客觀地做出評估。