胚胎移植手術時間比較快，整個流程加鋪巾、消毒、移植、驗胚胎基本在5-10分鐘，整個程序分為以下幾個步驟：1、驗證身份：先驗證病人身份，再核對胚胎，核對父母雙方的姓名；2、再次核對身份：病人躺到床上消毒的時候，進一步核對病人雙方的姓名；3、消毒：外陰陰道消毒后鋪巾，鋪巾用擴陰器撐開陰道，再用棉簽或者棉球清理陰道內清潔；4、插入移植管：移植管分為外管和內管，外管先進入子宮腔，其后將導絲拿出，有的地方不用導絲。原則上要將外管插入子宮腔，外管如同套管，一定要通過子宮下段、子宮峽部，再將內管伸入。內管是實驗室裝載胚胎的裝置，由培養液、胚胎的幾段液體和氣體組成。將內管移植入子宮，放到B超可見的合適地方，再注入胚胎，注入以后開始撤管；5、撤管：有的醫院是先撤內管，再撤外管，有的醫院是兩根管子一起撤出。撤出以后，需要到實驗室進一步驗證胚胎是否有殘留，如果沒有殘留，則手術結束。胚胎移植手術的整個過程很快，但如果病人宮頸管粘連、狹窄，此時內管插入可能比較困難，或者是病人的子宮前屈或后屈較為嚴重，病人插管時會造成一定的阻力和困難。如果病人此時有一定程度的膀胱充盈，將子宮放在合適的位置，會使手術更順利，順利的手術成功率將更高。