胚胎移植手術需要的時間較短，從正式開始操作所需要的時間，大約是幾分鐘。大多數人感覺時間比較長，是由于進入胚胎移植室后，準備的時間比較長。首先進行消毒，然后取膀胱截石位，在B超下看清子宮，然后對宮頸進行消毒，等臨床的醫生準備完后，充分地暴露宮頸，將移植的外套管放進子宮腔內，然后等待實驗室的工作人員，將胚胎吸到移植管的內管中。吸到內管中，實驗室的工作人員會拿著含有胚胎的移植管跟臨床醫生配合，將內管通過外套管進入到子宮腔內，然后在B超的引導下，慢慢把含有胚胎的液體注射到子宮腔內。整個操作過程，從內管進入到宮腔到拔出來，也就2min左右。有些時間比較長，是因為進管通過宮頸內口時相對比較困難，所以需要的時間長一些。絕大多數女性，只要憋尿比較充足，子宮的位置正常，沒有前傾或者后屈，一般都是幾分鐘就可以完成胚胎的移植。