絕大多數手足口病都是很輕微的，僅僅表現出發熱和皮疹，病情的嚴重程度和皮疹的多少沒有直接關系，主要取決于是否并發了肺炎、心肌炎和腦炎。最嚴重的是腦炎，神經源性肺水腫也是嚴重和致命的。雖然重癥手足口病的患兒數量很少，但是一旦出現就可引起患兒心肺衰竭，留下后遺癥，嚴重的病例可危及生命。