甲狀腺囊腫治療主要依據甲狀腺囊腫的腫物多少、大小來決定。較小甲狀腺囊腫無需治療，較大甲狀腺囊腫或者短期內迅速增大的甲狀腺囊腫，如果出現相應的壓迫癥狀，需要進行手術干預。由于甲狀腺囊腫多數是良性，手術切除之后，一般無需再進行其它方面的治療。但是如果甲狀腺囊腫較多，甲狀腺組織也進行了部分切除，可能造成一部分患者甲狀腺功能減低，術后還需配合進行甲狀腺激素的治療。