甲狀腺囊腫絕大部分是良性的，是甲狀腺結節囊內出血引起的。此外，還包括腫瘤性改變，膠質樣改變，以及先天性甲狀舌骨管囊腫等。很多人關心的不是甲狀腺囊腫，而是甲狀腺結節。很多甲狀腺結節不需要干預，不需要治療，與乳腺增生結節一樣。當甲狀腺結節高度懷疑癌變時，需要手術干預。在醫院做B超檢查，對甲狀腺癌變的診斷率很高。有些患者甲狀腺腫大有壓迫癥狀、甲亢癥狀、內科治療無效，以及胸骨后甲狀腺腫，或者本身有家族史，腫瘤發展很快的患者，需要手術干預。有些患者發現甲狀腺結節，心理壓力很大大，強烈要求手術，也是手術治療的指征。但絕大部分良性的甲狀腺結節不需要處理，臨床觀察即可。