治療扁桃體肥大最好的方法取決于扁桃體肥大的程度，以及其引起的癥狀：1、如果扁桃體肥大引起呼吸堵塞，導致堵塞性睡眠呼吸暫停，通過睡眠監測顯示有明顯的阻塞性睡眠呼吸暫停，就需要通過手術來切除扁桃體，從而改善癥狀，這是較好的治療方法；2、如果扁桃體肥大導致說話有含物音、發音不清晰，這也是手術切除扁桃體的適應癥，只有通過手術切除肥大的扁桃體，才可以改善扁桃體肥大引起的堵塞癥狀，另外扁桃體肥大沒有明確的藥物治療有確切療效；3、如果扁桃體肥大是因為腫瘤導致的，則需要進行必要的手術，甚至放化療來進行抗腫瘤治療，才能達到治療扁桃體肥大的目的。