上頜竇囊腫可引起頭疼。上頜竇囊腫多發生在上頜竇的底壁以及內壁，如果囊腫很小，則病人沒有任何癥狀。如果囊腫局限性增大，對上頜竇底及內壁壓力越來越大，病人會出現面部壓迫感，繼而頭部鈍痛，同時伴有上列牙疼痛。 囊腫較小患者可以先觀察，暫時不進行特殊處理。當囊腫長到一定程度，自行破裂黏液流出，繼而出現鼻塞、鼻腔間斷性流膿水和流清鼻涕等癥狀，出現這種情況時，建議早期手術治療。