大部分卵巢囊腫并不影響女性生育，如果卵巢囊腫需要手術治療，醫生也會盡量保護患者的卵巢功能及生育功能，不會因為手術本身，對生育功能造成嚴重的影響。所以卵巢囊腫會不會影響生育，根據腫物的性質和選擇治療的時機，不同的病情，各有異差。例如子宮內膜異位囊腫，無論手術與否，都有可能造成患者的不孕，但通過治療和隨訪，能有效的保護患者的生育功能。