脊髓空洞癥若不給予治療，寰樞椎脫位患者，腦干功能受損會愈發嚴重，四肢癱瘓，呼吸功能、生命體征越來越差，可導致死亡；第四腦室的腦積水或小腦扁桃體下疝嚴重的患者，可直接壓迫腦干和頸髓，影響患者呼吸、走路及生活，患者存活時間較短，單純的脊髓空洞癥患者，壽命常與正常人無異。脊髓空洞癥治愈后，患者可持久存活；并發癥較多者，可會致殘或致死。