半夜手指關節痛的原因如下：1、關節炎癥：手指容易受到勞累，或者損傷，出現無菌性炎癥困擾，常見的有肌腱炎、腱鞘炎，也有滑膜炎癥，如退行性滑膜炎，或者特異性的類風濕痛風性滑膜炎，也有比較嚴重的會出現骨關節炎、骨關節破壞的情況，這些無菌性炎癥一方面會出現一種病灶，釋放炎癥因子；2、疼痛敏感度下降：另一方面，這些炎癥的物質會導致一定關節和韌帶肌腱的粘連出現僵硬，睡著以后，人通常對疼痛的敏感度會下降，有些局部疼痛的病灶會被誘發，而出現半夜里手指關節疼痛的情況。通常與無菌性炎癥的發作，以及組織黏液的分泌和組織僵硬有關。