克羅恩病的活動期不確定，可長可短，取決于病變累及的范圍。如果僅僅是累及直腸，活動期可能較短，如果累及全消化道，包括上消化道、小腸甚至結腸，活動期時間可能較長。除了累及部位，還與病變嚴重程度有很大關系。如果腸道炎癥較重，不僅局限于黏膜層，甚至出現透壁性炎癥，這些情況的發生會導致活動期延長。 另外還有一些并發癥的發生，如急性腸梗阻、出血、穿孔，甚至嚴重的腹腔感染，這種患者的活動期會明顯延長。活動期對藥物反應也不同，病變如果較輕，對藥物反應較好，活動期會大大縮短。如果病變累及范圍較廣，患者對藥物并不敏感，活動期會大大延長。