目前克羅恩病的病因尚不明確，認為是多因素綜合作用的結果，包括環境、免疫以及遺傳因素，具體如下： 1、遺傳因素：大量研究顯示，克羅恩病患者親屬患病率要高于一般人群，同卵雙生患病率高于雙卵雙生，科學家也發現不少易感基因； 2、環境因素：吸煙和感染可能也是誘發因素，因為吸煙會增加克羅恩病發病率，部分患者戒煙之后，克羅恩病癥狀能緩解。同時又因為克羅恩病與沙門菌或腸結核等細菌感染有類似癥狀，所以可能感染也是一種病因，但是目前沒有發現確切的病原體； 3、免疫因素：一般會發現克羅恩病患者腸黏膜免疫系統存在紊亂，病理上類似遲發性變態反應，血清中也能檢測出多種抗體。