大部分情況下，患者做尿道鏡檢查，采取局部麻醉方式，仍會比較疼痛。若患者不能耐受疼痛，會麻醉尿道，讓患者睡著或放松時做，一般感覺不到疼痛。尿道鏡分為普通的金屬鏡和軟鏡，舒適程度或疼痛程度會不一樣。常規醫療機構配備的金屬尿道鏡，比較硬，且比較粗，一般會將局麻藥涂抹在鏡子上，從尿道里進去，患者疼痛比較明顯。軟鏡，相對疼痛程度會減輕，但患者亦會有不適癥狀。男性因為尿道長，疼痛會更為明顯，而女性尿道較短，疼痛感相對較輕。