手術是治愈肛瘺的唯一方式。單純肛瘺術后預后良好，無特殊情況則較少復發。復雜性肛瘺一次手術可能無法完全治愈，一般需要2-3次手術方可治愈。復雜性肛瘺多數伴有肛腸原發疾病，如潰瘍性結腸炎等，且肛腸原發疾病及家族遺傳為肛瘺發生的高危因素，容易導致復雜性肛瘺。復雜性肛瘺由于通道較多而預后較差。另外，復雜性肛瘺手術需在保證肛門功能的前提下進行。