口腔潰瘍根據病因不同，治療方案也不同。如果潰瘍由創傷引發，可通過去除刺激因素，同時促進潰瘍愈合進行治療。常見復發性阿弗他潰瘍，治療方案比較復雜。常見為藥物治療，可口服或外用。常見口服藥物為免疫抑制劑或漱口水等。需要注意，復發性阿弗他潰瘍，服用抗生素治療無效，故建議在醫師指導下服用藥物，切忌自行服藥。