膀胱腫瘤術后并發癥與手術方式、個人體質有關。內鏡局部切除術常見并發癥為術后感染、傷口出血、血尿、發熱以及腫瘤轉移。根治性手術并發癥出現的幾率、種類相對較多，如回腸或乙狀結腸替代新膀胱，常見并發癥為吻合口瘺、腸瘺。新膀胱和尿道吻合口區域狹窄，可出現排尿不暢、排尿細等情況。輸尿管和新膀胱種植區域狹窄、閉鎖，可出現腎臟積水，輸尿管擴張、感染等情況。傷口感染、術后傷口出血、營養不良、墜積性肺炎或下肢靜脈血栓，均為一般手術可出現的并發癥。