賁門癌的治療主要為手術治療和非手術治療，非手術治療又分為化療和放療。賁門癌的化療主要用于賁門癌的晚期治療，其治愈率相對較低，5年生存率約為10%。賁門癌化療的副作用主要為兩大部分，一部分為消化道的副作用，如惡心、嘔吐、厭食等，一部分為血液系統的副作用，如白細胞下降、血小板下降等，大部分病人可以通過服用藥物來控制住這些副作用。