若急性鼻竇炎伴有并發癥或發展為慢性鼻竇炎，保守藥物治療及物理治療無效，可考慮手術治療。手術以改善鼻腔通氣與引流、解決解剖結構異常為首要目的。目前多以功能性鼻竇外科手術為主流，通過微創手術解決病痛。在圍手術期間，要控制患者血壓血糖，戒煙戒酒。同時可服用部分口服藥物以及鼻用激素，為手術創造良好條件。大部分慢性鼻竇炎患者經過圍手術期正常處理，微創手術以及術后換藥、內鏡清洗、隨訪，治愈率可達90%。