骨髓炎手術的治療多數可達到控制感染、實現無竇道、無癥狀的效果。急性骨髓炎治療效果及預后較好，因兒童局部血供豐富，大多患者通過手術可控制感染，不會出現復發。慢性骨髓炎如無竇道形成，可進行髓腔切開減張、局部刮除，但有復發可能。部分慢性骨髓炎患者需將感染段切除，造成身體損傷較大，重建過程較長。姑息性手術將最嚴重感染切除，后期需依靠患者自身抵抗力，若身體情況欠佳、不能承受多次手術，其治療效果較差。骨干骨折伴骨髓炎患者，手術將感染部分切除，通過骨搬運、其他成骨修復骨缺損，治療效果較好，可降低術后復發幾率，治療周期較長，為目前治療骨髓炎相對徹底的方法。