房顫射頻消融手術對患者來說有利也有弊，最大的優點是可防止腦栓塞的發生，此外，房顫消融可使患者恢復竇性心律，維持良好的心功能，還可防止腦栓塞的發生。房顫消融同時也存在微小的缺點如手術操作中可能存在心房處消融損傷，使患者心率恢復的同時心功能喪失20%-30%，可形成心包壓塞、心房食管瘺、肺靜脈狹窄，也可在心房形成疤痕和結痂導致血栓。