疾病有后遺癥，手術治療操作有并發癥，房顫射頻消融后遺癥可以簡單分成心房顫動后遺癥和射頻消融并發癥。心房顫動后遺癥主要是心臟擴大和心力衰竭，另外由于血栓引起組織臟器栓塞缺血，比如中風可能與心房顫動有關。射頻消融的急性期并發癥或者慢性期并發癥可能出現心包積液、心包填塞、房室傳導阻滯，即心臟電路傳導阻滯。患者在做手術過程中，比如做大腿根股靜脈穿刺，頸內靜脈或者鎖骨下靜脈穿刺等，可能出現出血和血栓栓塞，射頻消融遠期并發癥可能有肺靜脈狹窄。