隱球菌腦膜炎應進行對因和對癥治療。該病最常見癥狀為頭痛，部分患者甚至出現撕裂樣頭痛，無法耐受。頭痛的主要原因為顱內壓升高，可通過脫水治療或引流術，引流出腦脊液后疼痛減輕。病因治療以抗真菌為主，治療藥物有兩性霉素B、兩性霉素B脂質體、氟康唑、氟胞嘧啶等。該病療程長，治療費用較高。而且有艾滋病、器官移植、糖尿病、系統性紅斑狼瘡等基礎疾病者，其治療效果和預后相對較差。具體用藥請結合臨床，以醫生面診指導為主。