隱球菌腦膜炎會引起后遺癥，往往是因為早期治療不及時，顱高壓或腦實質損害引起。后遺癥主要表現為聽力下降、失明、意識障礙等。碰到過一個病例，患兒5歲，早期因沒有及時診斷隱球菌腦膜炎，在治療過程中，顱高壓控制效果不是很理想，最終導致視神經不可逆損害，雙目失明。雖然患者最終治愈，但是遺留失明的后遺癥，對后期生活帶來很多不便。 所以隱球菌腦膜炎在早期治療時，在考慮到結核性腦膜炎、病毒性腦膜炎、化膿性腦膜炎的同時，同時也要警惕隱球菌腦膜炎的可能。如進行隱球菌莢膜多糖抗原等檢測，早期明確篩查、早期確診、早期治療，可能對避免后遺癥的發生起到一定積極作用。