CT和核磁共振最大區別是成像方法不同，所以評估和診斷方法也不同，CT根據密度值評估，核磁共振根據信號表示。 CT通過射線照射到人體各個組織，通過組織對射線吸收反饋量多少進行數字剪影重建，得到圖像。核磁共振通過氫質子磁矢量的弛豫時間不同，進行數字剪影得到圖像。因此，CT對骨、肺等器官成像較好，如骨折、急性腦出血、骨來源腫瘤以及腫瘤鈣化，CT優于核磁共振。 核磁共振對軟組織顯像較好，如對軟組織臟器的分辨率、顯示中樞神經系統腫瘤細節，優于CT。現臨床醫生對頭顱和神經系統疾病，多選用核磁共振進行檢查。