腦梗塞引起的腦萎縮，服用治療腦梗塞的藥物最好，如抗血小板聚集藥物阿司匹林、氯吡格雷，可改善血液循環。若存在心源性因素引起的腦梗塞，需要使用抗凝藥物，比較常用的抗凝藥物為華法林，需要監測INR。新型的抗凝藥物，主要包括達比加群酯、利伐沙班，可有效改善血液循環和改善腦萎縮。還要部分患者有抽煙、喝酒的嗜好，需要戒煙、戒酒，補充維生素B1、維生素B12、維生素B6等，改善神經功能、腦萎縮癥狀。可以使用改善腦功能的藥物，如銀杏葉片，可改善腦萎縮、腦梗塞的癥狀。此外，還可使用茴拉西坦、奧拉西坦來改善腦功能。急性期可使用丁苯酞改善微循環，依達拉奉可去除氧自由基，起到腦保護、改善腦梗塞和腦萎縮的作用。