胸腺法新屬于一種免疫調節藥，目前在臨床上使用耐受性良好，且并沒有發現十分嚴重的危害，即尚未發現特別嚴重的不良反應。但在藥物說明書中提到相關的不良反應，如因為胸腺法新常用的劑型是注射劑，所以部分患者可能出現注射部位的不適。部分患者，如慢性乙型肝炎的患者，在接受胸腺法新治療時，可能出現轉氨酶水平的暫時波動，若波動低于基礎值的2倍，可以繼續在醫生的指導下使用，但需要加強監測，若進一步表現出更嚴重的肝損傷，應暫停用藥。同時胸腺法新也存在禁忌證，如服本品中的成分過敏或正在接受免疫抑制治療的患者，如器官移植的患者，均禁忌使用。胸腺法新是處方藥，需要在醫生指導下使用，雖然通常耐受性較好，但是用藥時應注意不良反應和禁忌證。