胸腺增生主要的危害，是可能引起胸腺瘤，或者導致重癥肌無力的發生。正常成年人的胸腺組織，多數會萎縮變為脂肪組織，但在病理因素下，胸腺可能繼續增生。癥狀較輕時，局部增生的胸腺組織會壓迫氣管、食管，引起咳嗽、吞咽困難等不適表現。而嚴重的胸腺增生通常會合并胸腺瘤，會導致重癥肌無力發生。若胸腺瘤體積較大，可能還會侵犯周圍氣管、支氣管及食管，進而引起相應癥狀，一般需手術切除。若未出現重癥肌無力或其他壓迫癥狀，單純的胸腺增生暫時可以不用手術處理，僅觀察即可。部分患者的胸腺增生會隨著年齡增長，逐漸萎縮而消失。若胸腺增生持續發展并伴有胸腺瘤產生，則建議早期發現、早期治療，有利于疾病預后。