小便發臭的原因有兩方面，即生理性原因和病理性原因，具體如下：1、生理性原因：最常見原因是很多患者日常飲水比較少，最直接的后果是尿液濃縮，使得尿液產生異味，有些患者會表現為小便發臭。還有些原因是飲食中攝入某些過多的物質，如最近一段時間吃肉比較多，蛋白質攝入比較多，就會導致尿液中的某些尿素含量增加，導致小便聞起來味道比較重、發臭；2、病理性原因：最常見的是泌尿系統感染，細菌從尿道逆行來到膀胱，導致尿液中細菌含量超標，同時細菌的代謝產物在尿中排出增加，導致尿液味道發生改變，導致有些患者出現尿液發臭的情況。此類患者可以做簡單的尿常規進行診斷，如果尿常規中白細胞超標，就可以確診為泌尿系統感染，可以采用敏感的抗生素進行治療，常用的包括喹諾酮類藥物、頭孢菌素類藥物、還有磷霉素氨丁三醇等。同時可以采用清熱、利濕、利尿的藥物、中成藥，來進行輔助治療。