肛瘺和痔瘡是兩個完全不同的疾病，兩者在嚴重的方面沒有可比性，但是在治療上肛瘺治療難度要大于痔瘡。肛瘺是感染性疾病，痔瘡是機體特殊反應。由于長期排便動作導致肛墊懸肌出現斷裂，所以可能出現水腫、脫出、出血等情況。因為痔瘡治療現在相對比較公認的幾種方法療效都非常理想，已經形成經典治療方式，比如外剝內扎、痔瘡PPH手術、套扎手術，都能夠比較容易地將痔瘡進行徹底治愈。 肛瘺雖然手術方法也很多，但是每一個肛瘺和另外一個肛瘺絕對沒有相同之處，所以不同肛瘺的手術難度相差非常大。另外肛瘺預后，即手術以后的恢復情況也比較慢，不能達到百分之百的理想狀態。而長期不治療的肛瘺可能發生惡變，而痔瘡則絕對不會發生惡變。