乙肝疫苗三合一注射和三針分別注射的區別在于不良反應發生率多，而且不良反應嚴重，另外免疫效果不如三針分別注射的效果好。由于三合一的乙肝疫苗是將三針乙肝疫苗合為一次注射，三針乙肝疫苗分別是20μg一針，而合為一針則成為一次注射60μg，因此其誘發的乙肝疫苗不良反應發生率和不良反應的嚴重程度皆較高。但是注射完以后，所產生的疫苗效果是不如三針所發生的免疫效果好，其引起人體所出現表面抗體也較低，而且表面抗體持續時間較短，所以提倡乙肝疫苗進行三針注射。在0、1、6個月的時候，提倡成人分別注射20μg重組酵母乙肝疫苗，兒童分別注射10μg重組酵母乙肝疫苗。而三合一的乙肝疫苗的應用于特殊情況，例如需要快速刺激人體產生表面抗體，而且缺乏注射三針乙肝疫苗時間，才可以應用三合一的乙肝疫苗。