低分子肝素鈣的注射方法主要為皮下注射，可減緩吸收的速度，使血藥濃度能夠維持較長的時間。若進行肌肉注射，因為肌肉里的血管比較豐富，注射后的藥物吸收速度過快，可能達不到持續的較高的血藥濃度。少數情況下，可進行靜脈注射，靜脈注射低分子肝素鈣的幾率不高，通常很少。在注射低分子肝素鈣時，注射部位通常為上臂或腹部的肚皮上。注射時應避免扎得過深，在皮下即可。注射進去以后，將注射器的活塞往抽，看是否注射到血管中。如果將藥物注射至血管中，會導致血藥濃度迅速提高，少數情況下，可能會導致出血風險或藥物吸收過快。